Ne trebuie in tot cazul o istorie europeana. Romania nu e o insula, e parte a unui ansamblu. Nu ne putem izola, nici in interpretarea istoriei, nici in modul cum ne raportam la ziua de azi ori de maine. Daca privim izolat crearea Romaniei Mari, riscam sa facem abstractie de evolutiile globale si totul sa ni se para minunat. In fapt, Romania Mare a evoluat pe o scena extrem de fragila, cu primejdii rasarind la tot pasul – si, desigur, istoria inca nu s-a incheiat.
Calea europeana nu inseamna revenirea la vechi frontiere, ci, ca tel final, disparitia frontierelor si transformarea Europei dintr-un continent pana nu demult conflictual intr-o casa in egala masura primitoare pentru toti locuitorii sai. Miza, pentru noi toti, nu e trecutul, ci viitorul.“
Istorie si mit in constiinta romaneasca (1997, 2000, 2002, 2006, 2010, 2011)
Jocul cu trecutul. Istoria intre adevar si fictiune (1998, 2002, 2008)
Doua secole de mitologie nationala (1999, 2005, 2011)
Mitologia stiintifica a comunismului (1999, 2005, 2011)
Sfarsitul lumii. O istorie fara sfarsit (1999, 2007)
Pentru o istorie a imaginarului (2000, 2006)
Romania, tara de frontiera a Europei (2002, 2005, 2007)
Mitul democratiei (2003)
Intre inger si fiara. Mitul omului diferit din Antichitate pana in zilele noastre (2004, 2011)
Jules Verne. Paradoxurile unui mit (2005)
Omul si clima. Teorii, scenarii, psihoze (2005)
Tinerete fara batranete. Imaginarul longevitatii din Antichitate pana astazi (2006)
Occidentul. O interpretare istorica (2007)
Napoleon III cel neiubit (2008)
„Germanofilii". Elita intelectuala romaneasca in anii Primului Razboi Mondial (2009, 2010)
Franta, hegemonie sau declin? (2010)
Tragedia Germaniei: 1914–1945 (2010)
Capcanele istoriei. Elita intelectuala romaneasca intre 1930 si 1950 (2011)
Istoriile mele. Eugen Stancu in dialog cu Lucian Boia (2012)
Explorarea imaginara a spatiului (2012)
De ce este Romania altfel? (2012)
Eugen Brote (1850–1912). Destinul frant al unui luptator national (2013)
Sfarsitul Occidentului? Spre lumea de maine (2013)
Balcic. Micul paradis al Romaniei Mari (2014)
Primul Razboi Mondial. Controverse, paradoxuri, reinterpretari (2014)
Dosarele secrete ale agentului Anton. Petru Comarnescu in arhivele Securitatii (2014)
Suveranii Romaniei. Monarhia, o solutie? (2014)
Maria, regina Romaniei, Jurnal de rãzboi (3 vol., editor) (2014–2015)
Cum s-a romanizat Romania (2015)
Mihai Eminescu, romanul absolut (2015)
Strania istorie a comunismului romanesc (2016)
Un joc fara reguli. Despre imprevizibilitatea istoriei (2016)
In jurul Marii Uniri de la 1918. Natiuni, frontiere, minoritati (2017)
Cum am trecut prin comunism. Primul sfert de veac (2018).